El nitrógeno se encuentra en el agua de dos formas distintas, por una parte en forma de gas (N2) disuelto, por otra en forma de sales minerales (Nitritos, nitratos y amonio) y, por fin, en forma de diversos compuestos orgánicos.

El nitrógeno gaseoso se encuentra en el agua abundantemente (pincha aquí para ver la tabla de solubilidades) pero de esta forma es inaccesible para la mayoría de los organismos vivos, no lo pueden coger porque tiene un enlace muy fuerte entre las dos moléculas que lo forman. Solamente algunas bacterias cianofíceas (algas azules) pueden fijarlo directamente y transformarlo en ión amonio NH4+, pero parece que, en todo caso es muy débil en aguas limpias y mayor en aguas eutrofizadas.

El ión nitrato (NO3-) es asimilado directamente por los vegetales.

La materia orgánica muerta y los excrementos de los animales acuáticos son descompuestos por las bacterias y los hongos microscópicos formando amonio (NH4+),este se transforma con facilidad en Nitrito (NO2-), los nitritos, por efecto de bacterias aeróbicas (acetobacter) se transforman en Nitratos, estos son absorbidos por las raíces de las plantas para su crecimiento.

Tanto el amonio como, sobre todo, los nitritos son tóxicos para los peces de forma que es imprescindible la presencia de un filtro con suficiente oxigenación y con la presencia de las bacterias que son capaces de convertirlos en nitratos absorbibles por las plantas. Los nitratos no son muy tóxicos para los peces ai no se encuentran en una concentración excesiva.